En septiembre de 2004, IDW comenzó a publicar la primera serie de Metal Gear Solid cómic, los cómics se separan en volúmenes, tanto con los Metal Gear Solid y Metal Gear Solid: Hijos de la libertad cómics cada uno conteniendo 12 volúmenes.
Un grupo terrorista, escindido de la unidad militar de elite conocida como Fox Hound, se ha apoderado de una isla de Alaska, conocida como Shadow Moses; lugar donde funciona una base en la que supuestamente se desactivan armas nucleares. El grupo demanda que le sea entregado el cuerpo de un antiguo soldado en un plazo de 24 horas, si no acceden a su demanda, lanzarán un ataque nuclear. Con las posibilidades y el tiempo en contra, una misión especial se prepara, reclutando sobre la marcha a Solid Snake. Con la posibilidad de un ataque masivo anulada, Snake deberá actuar prácticamente solo e infiltrarse a fin de neutralizar efectivamente la amenaza.